Cykl życiowy Blastocystis sp. jest tematem badań naukowych, ponieważ nie wiadomo dokładnie, jak pasożyt przenosi się między żywicielami i jakie formy przyjmuje w organizmie.
Najczęściej spotykaną formą w kale ludzkim jest forma wakuolarna, która ma kształt okrągły i może mieć różną wielkość. Forma ta dzieli się na dwie komórki przez podział binarny.
Inne formy, takie jak forma torbieli (cysty), forma ameboidalna i forma ziarnista, są rzadziej widoczne i nie wiadomo, czy są to odrębne stadia rozwojowe czy tylko odmiany morfologiczne. Forma torbieli jest podejrzewana o zakaźność, ale nie ma na to dowodów.